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[报告注释]基因组组装的最后挑战——T2T


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人类基因组T2T联盟发展中CHM13-T2T基因组组装的最后挑战

长读长组装发展

2012年:第三代组装,第二代修正;资源消耗,适合小基因组,比如细菌,错误率4-15%

2013:三代组装,三代修正;它仍然只适用于小的。

2014年:华夏一号(三代中国人的参考基因组)

2016: Falcon/Falcon-unzip,第三代Pacbio二倍体真核生物

2017年:ONT乌特拉隆

2018:希望集团启动T2T完成图,Nextcorrect(Nextdenovo一期),大基因组组装问题

2019: Pac Biohifi读数,20kb,准确率99.9%,可与SNP和Indel组装。

020:基于HiFi的二倍体组装HiFi ASM中国SV和单体型标准

221:非洲肺鱼40Gb,澳洲肺鱼37Gb组装;拟南芥的T2T图谱

2022年:苏铁基因组10.5Gb

人类基因组T2T联盟

2019年:T2T联盟成立

220: X染色体

2021年:8号染色体

2022:全基因组、表观遗传学、端粒、着丝粒等。和许多方法论研究。

泛人类基因组联盟HPRC新目标:基于T2T 350个个体的基因组

CHM13-T2T

组装:3.05Gb,63494个基因(19969个编码基因),53.94%重复。

装配策略:

30pac Biohifi骨骼:Hicanu Minisam

ONT补充缺口

基于HiFi的图形分辨率、手动图形分辨率

基于ONT的缠结解决方案,手动绘图

结合其他技术DD PCR,链序列,hi-c,HSA T3阵列

技术突破:着丝粒剪接、rDNA阵列(45S)、染色体短臂、片段重复、串联重复、完整单倍型。

局限性:

棘球蚴细胞样本,单倍体基因组,不是绝对单倍体。

无y染色体

真二倍体、异源多倍体和同源多倍体需要不同的算法。

建议:不要轻易称之为T2T,有很多评论供评论。谦虚,接近完成

基因组组装的最后挑战

测序的发展维度:一代——三代

BAC-长纳米孔测序(150kb)

HiFi和ONT测序误差率有不同的含义。

最新基因组组装的四种不同标准和不同策略

白金基因组:50-60x HiFi Hi-C (Hifiasm,HiCanu)

近图:60 xhifi 60 XUL(100k b)hi-c bio nano(hifiasm,hicanu,nextdenovo)

预T2T:60倍高保真100倍超长(150千字节)高保真bio nano(next denovo 2/next polish 2)

T2T:100倍HiFi 200x倍BAClong(150 kb)Hi-C bio nano(nextdenovo 2/nextpolish 2)

t不等于无间隙:一个重叠群和一条染色体;无错装;Q50基础质量不够;单体型未分割

T 4阶段:近10Gb的基因组已经完成。

单倍体已经完成

二倍体进行中

异多倍体困难

同源多倍体更难。

CGM第235期最后的挑战王德鹏的基因组组装3354基因组完成图(T2T):

https://www.bilibili.com/video/BV1DY411j7pG?SPM _ id _ from=333.880 . my _ history . page .单击

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